Santa Rosalia igual que los antiguos asentamientos misionales de la zona siguio perdiendo poblacion en la segunda mitad del siglo XIX. La poblacion indigena se fue dispersando en los puebstos y ranchos aleda{os donde convivian con mestizos.
Los indios fueron despojados poco a poco de sus tierras las cuales se fueron incorporando a las haciendas en plena expansion.
El templo cayo en deterioro y ya estaba en estado de ruina a mediados del siglo XX.
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